Предобработка данных ДНК-микрочипов
Материал из MachineLearning.
Предобработка данных - необходимый этап анализа данных, полученных в ходе эксперимента с ДНК-микрочипом. Выделяют три основных подэтапа предобработки:
- Фоновая поправка
Фоновая поправка в анализе ДНК-микрочипов
- Нормализация
- Суммаризация
Суммаризация - этап предобработки данных, в ходе которого суммируются интенсивности нескольких ДНК-микрочипов, использованных на одной стадии эксперимента, с целью получить финальные значения интенсивностей проб. Как правило, суммаризация является составной частью алгоритма, реализующего комплекс методов предобработки данных.
Содержание |
Факторный анализ для робастной суммаризации микрочипов (Factor Analysis For Robust Microarray Summarization (FARMS))
Данный подход к суммаризации интенсивностей микрочипов базируется на линейной модели с гауссовским шумом.
Модель
Обозначим нормализованный логарифм наблюдаемой интенсивности (с нулевым матожиданием)
, а
- нормализованный логарифм концентрации РНК в исследуемом препарате. Будем предполагать, что между логарифмом наблюдаемой интенсивности и логарифмом концентрации РНК существует связь вида
, где
и
.
это многомерное нормальное распределение с вектором матожидания
и ковариационной матрицей
.
обычно называют фактором.
это диагональная матрица ковариаций шума.
и
статистически независимы. Согласно принятой модели, наблюдаемый вектор
распределён нормально со следующими параметрами:
Следовательно, интенсивности (PM проб) логарифмически нормально распределены. это параметры формы логарифмически нормального распределения для каждой пробы
.
Теперь рассмотрим отдельный ген, множество микрочипов , на каждом из которых
проб
, соответствующих этому гену. Обозначим
- истинный сигнал на микрочипе
, то есть логарифм концентрации РНК рассматриваемого гена в препарате. Пусть
- сигнал
, нормализованный так, что он имеет нулевое матожидание и дисперсию 1, то есть
.
Теперь предположим, что для каждой пробы сигнал отклоняется на
и
от истинных значений
и
соответственно. Таким образом,
,
где предполагается, что и
распределены с нулевым матожиданием. Величина
определяет дисперсию
-го измерения
, а
- его матожидание. Таким образом, мы предполагаем, что каждый олигонуклеотид, соответствующий
, имеет свои характеристики (например, эффективность гибридизации). Добавляя к измерениям
шум
, получим
,
где - гауссовский шум с нулевым матожиданием. Значения
и стандартного отклонения
могут зависеть от интенсивностей экспрессии гена на разных микрочипах. В некоторых работах показано, что дисперсия шума зависит от силы сигнала. Поэтому при оценке значений необходимо принимать во внимание фактическую интенсивность экспрессии генов.
Если мы обозначим и нормализуем наблюдение
, чтобы оно имело нулевое матожидание, вычитая
,
где аппроксимация возможна в сделанных предположениях о нулевых матожиданиях и
, мы придём к базовой модели (1).
Согласно модели,
, поэтому данный метод лучше всего подходит для генов с сильным нормально распределенным сигналом или для генов с низкими интенсивностями сигнала (маленькими
). Эксперименты показали, что этот подход даёт хорошие результаты и для ненормальных распределений
, потому что ненормальность
имеет сравнительно небольшое влияние на правдоподобность модели.
Оценка параметров модели и сигнала
Оценка настоящей интенсивности (сигнала) состоит из трёх шагов:
1. Нормализация наблюдений
Чтобы наблюдаемые значения соответствовали сделанным в модели предположением, нормализуем их, вычитая
, оцениваемое с помощью уравнения (*). Таким образом, они будут иметь нулевое матожидание.
2. Максимальный апостериорный факторный анализ
Пусть - исходные данные. Тогда байесовская апостериорная плотность вероятности параметров
пропорциональна произведению правдоподобия
и априорной плотности вероятности
:
.
Для априорной плотности вероятности мы предполагаем, что , то есть что априорная вероятность параметра
не зависит от параметра
и что последняя неинформативна. Априорная плотность вероятности для
вычисляется по формуле
, где
из исправленного нормального распределения
, для которого
выбрана пропорционально матожиданию вариации
наблюдений, чтобы фактор отражал вариацию данных, то есть
Априорная плотность вероятности отражает следующие факты:
- наблюдаемые вариации в данных часто небольшие, поэтому большие значения
маловероятны,
- микрочип обычно содержит во много раз больше генов с постоянным сигналом (
), чем генов с меняющимся сигналом (большие значения
),
- отрицательные значения
неправдоподобны, так как это значит, что интенсивность сигналов убывает с увеличением концентрации РНК.
Два гиперпараметра и
позволяют определить разные аспекты априорных знаний. Например, значение
около нуля предполагает, что большинство генов не содержат сигналов и вносят смещение значений
к нулю.
Второй фактор апостериорной плотности - это правдоподобие, которое вычисляется как
где это плотность распределения, измеренная в
.
Мы оцениваем параметры факторного анализа с помощью EM-алгоритма, модифицированного для максимизации байесовской апостериорной плотности вероятности. EM-алгоритм оенивает параметры и апостериорные значения
для каждого
. Аналогично EM-алгоритму, максимизирующему правдоподобие, модифицированный EM-алгоритм максимизирует нижнюю границу апостериорной плотности логарифмов
гдк уже нормализован и имеет нулевое матожидание и
Отметим, что максимальный апостериорный факторный анализ позволяет выделить и ненормально распределённые сигналы. Ковариационная матрица правдоподобия равна , поэтому увеличение диагональных элементов
приведёт к большему уменьшению правдоподобия, чем увеличение одного собственного значения с помощью
(отметим, что при приведении ненормального распределения к единичной дисперсии
увеличивается). Причиной большего уменьшения правдоподобия в первом случае является суммарный эффект увеличения
собственных значений ковариационной матрицы.
3. Оценка действительной интенсивности
Наша задача - определить действительную интенсивность с помощью оцененного значения
, то есть нужно оценить
и
. Для каждой пробы мы имеем
Мы определяем и
методом наименьших квадратов. Учитывая, что и
и
взяты из распределения с нулевым матожиданием, получаем:
Действительная интенсивность в таком случае представляется в виде
где это фактор, который компенсирует уменьшение вариации данных в ходе предобработки и факторного анализа (вариация данных в некоторой степени рассматривается как шум). Значение
эмпирически определено на модельных данных для разных методов нормализации:
для квантильной нормализации и
для циклической сглаживающей кривой.
Ссылки
Hochreiter, S.; Clevert, D.-A.; Obermayer, K. A new summarization method for Affymetrix probe level data // Bioinformatics. — (Oxford, England): 2006 T. 22. — С. 943-9.
Kogadeeva 02:45, 4 декабря 2010 (MSK)